اين آزمايشگاه كه با زيربناي فكري و برنامه آناليز آب و آلاينده‌ها (طبيعي، شهري و روستايي، كشاورزي و صنعتي) و تشخيص و شناسايي گياه و جانور (از تك ياخته اي تا پرياخته، آبزي و خشكزي)، در سطح و وجه آزمايشگاه هاي معتمد شكل گرفت، كار خود را در فضايي مناسب در دپارتمان محيط زيست آغاز نمود. در ابتدا بر حسب نياز و پاسخ به پروژه هاي در دست مطالعه اقدام به تهيه وسايل و مواد آزمايشگاهي و برداشت هاي صحرايي و آزمايشگاهي نمود و در روند تكامل فعاليت ها، به تشكيل گروه هاي تخصصي و تجهيز آنها پرداخت تا توانايي هاي خود را در سطح تخصص ها و ويژگي هاي زير توسعه بخشد. اكنون با استقرار فعاليت هاي آزمايشگاهي مذكور درصد ارتقاء توان آناليزهاي كامل در حيطه فعاليت ها بوده تا بتواند با بسط فضاي آزمايشگاهي و جلب نيروهاي متخصص مربوطه، مكمل پاسخگوي احتياجات خود باشد.

1- تجزيه و تحليل پارامترهاي فيزيكوشميايي و ميكروبي آب و فاضلاب
در اين رسته از فعاليت ها، پس از نمونه برداري از آب و فاضلاب و تثبيت نمونه ها و انتقال به آزمايشگاه، آناليز نمونه ها درمحدوده پارامترهاي مورد نياز چون DO, BOD, COD, EC, Temp, Salinity, NO2, NO3, NH3, Turbidity, pH, TDS, TSS, PO4 و تعداي از فلزات سنگين و ... و تفكيك انگل ها و باكتري ها با استفاده از مواد و ظروف و سيستم هاي موجود انجام خواهد گرفت.

2- گروه شناسايي آبزيان
به دنبال نمونه برداري از آبزيان اكوسيستم مورد مطالعه اعم از گياهان آبزي و فيتوپلانكتون ها و جانوران آن (ماهي، بنتوز، زئوپلانكتون) آن با استفاده از وسايل مورد نياز، نمونه ها ابتدا به كمك محلول هاي خاص تثبيت و به آزمايشگاه مذكور انتقال داده مي شوند تا در آزمايشگاه به كمك كارشناسان متخصص و ابزار كار (لوازم آزمايشگاهي، لوپ، ميكروسكوپ و ...) نمونه ها تخليص، جداسازي و شناسايي گردند.

3- جداسازي و شناسايي بيمارهاي ماهي
به منظور بررسي كيفيت زيستي گونه هاي ماهي اكوسيستم ها و معرفي و تأثيرات گونه هاي پيوندي و مهاجر بر پويايي جمعيت گونه هاي بومي به ويژه گونه هاي كمياب و در معرض خطر نمونه هاي مشكوك (به امراض قارچي، انگلي و ميكروبي) با تثبيت در محل (با يخ يا انجماد) به آزمايشگاه انتقال داده شده تا دراختيار واحد تشخيص بيماري ها قرار گرفته، نوع و شيوه احتمالي مبارزه اعلام و هشدارهاي لازم تعيين گردد.